司法保護中心處理事項包含：
1.法定通報：兒少法53、54、54-1及老人福利法43->運用網路通報或填具法定通報表，以網際網路、電信傳真或其他科技設傳送等方式通報->網路/法定通報表送交司法保護中心->中心填列簡表編號
2.關懷通報：自殺高風險個案、精神疾病患者、需社會救助者、符合更生保護法、犯罪被害人保護法受保護對象、施用毒品因「懷胎5個月以上分娩未滿2月」，經停止執行、拒絕收監或拒絕人所者->填寫關懷通報表，或通知志工協同當事人或其家屬填寫->通報表送交司法保護中心->簽收資料，填列簡表編號->1.依個案需求，以電話、傳真或正式公文請相關單位協助。2.二週內確認回覆情形
3.緊急通報：夜間或假日，有需緊急通報事宜->依緊急通報網絡電話自行通報，並填關懷通報表->通報表送交司法保護中心->簽收資料，填列簡表編號->1.電話聯繫受通報單位後續處理情形、2.二週內確認回覆情形
上列3種情況均經承辦人評估是否仍須追縱，需追蹤者；追縱後續處理狀況並將通報表連同相關資料，送請督導核閱後結案；不需追蹤者則將通報表連同相關資料，送請督導核閱後結案。結案後將結案資料影送原送交者