為提供偵查、公訴及執行中之當事人或其家屬與地方保護資源的聯結，本署設置「司法保護中心」，作為與社政系統、衛生福利系統及社會資源連結的平台，以積極主動的精神，針對弱勢或有扶助需求的當事人或其家屬，提供各項社會資源之轉介服務，讓地方社政資源得以提供實質保護資源及個案管理，藉由保護資源的介入減少悲劇的發生及犯罪的可能。
「司法保護中心」受理依老人福利法、兒童及少年福利與權益保障法規定之法定通報，即時保護兒童及老人之權益。並針對自殺高危險個案、精神疾病患者及需社會救助者等進行關懷通報。「司法保護中心」的設置，提供需要受幫助的民眾即時的協助，不僅落實司法保護精神，更能彰顯柔性司法的檢察形象。