本會設址於臺北市中正區博愛路164號5樓。依章程規定設立董事會及常務董事會，策劃、督導及審議會務運作，分別置董事9人至17人及常務董事7人，均為無給職，由法務部就所屬機關或有關機關、團體主管人員或社會熱心公益適當人士中聘任之，任期2年，連聘得連任。為推展保護工作，本會置董事長1人，由臺灣高等法院檢察署檢察長擔任，綜理會務，對外代表本會；置執行長1人，副執行長1至2人，工作人員若干人，分掌有關事務，又因應業務需要，聘請顧問若干人。
        本會創會後，除陸續策劃各項工作方針與制度規章外，於88年4月1日在臺灣地區及福建金門、連江各地方法院檢察署所在地設有21個辦事處，分別置主任一人，工作人員若干人，負責執行轄區各項保護工作。92年12月11日各地辦事處改制為分會，成立委員會並由民間人士擔任主任委員，以廣納社會資源投入推動犯罪被害人保護工作。
        為發揮保護功能，協助重建被害人或其遺屬生活，本會及各分會分別招募熱心社會公益人士擔任保護志工，投入犯罪被害人保護工作行列，建立犯罪被害人保護網絡，積極推展被害人保護工作。
（1） 榮譽主任委員：分會置榮譽主任委員1人，由臺灣花蓮地方法院檢察署檢察長兼任。
（2） 委員會暨常務委員會：分會得設委員會、置委員9人至15人，無給職，其中1人為主任委員，委員人選廣聘熱心社會公益人士擔任，任期3年。主任委員綜理分會業務，實際參與犯罪被害人保護工作，也指導分會推展犯罪被害人保護業務的方針，對外代表分會。又委員會得設常務委員會，置常務委員5人，除主任委員為當然常務委員外，餘由委員互選之。
（3） 工作人員：本分會置執行秘書1人、副執行秘書或秘書1人至2人、工作人員若干人。
（4） 實際人員：目前本分會實際人員有榮譽主任委員1人、主任委員1人、委員13人、執行秘書1人、秘書1人、助理秘書1人及專案助理1人。