本署隸屬臺灣高等檢察署，主要任務以偵查追訴犯罪、刑事裁判之指揮執行為主要業務，藉以維護社會秩序保障人民生命、身家財產之自由與安全。
        本署置有檢察長一人、主任檢察官三人、法醫師（檢驗員）二人、並設書記處、觀護人室、人事室、政風室、會計室、統計室、資訊等室，書記處並另設有紀錄科（資料）、執行科、文書科、總務科、研考科等五科及法警室。 本署檢察長並依法監督法務部矯正署臺灣花蓮看守所、法務部矯正署臺灣花蓮少年觀護所之行政業務。

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